Este trabalho tem como objetivo analisar as dificuldades na implantação das políticas de inovação nas universidades federais pelo Brasil. A implantação da política de inovação nas universidades é algo complexo, que demanda uma análise profunda do arcabouço legislativo pertinente, bem como nas normativas internas preexistentes e que possam confrontar com as novas legislações. Usou-se como referencial os trabalhos realizados na Oficina PROFNIT, realizada na Secretaria de Inovação (SINOVA) da UFSC. Será feito uma avaliação histórica do processo legislativo até a criação da legislação referente a política de inovação. Também será analisado políticas de inovação de onze universidades federais, para um comparativo do andamento da implantação das políticas de inovação pelo Brasil.